Cette suite de STALKER proposera de découvrir l'histoire de la Zone ainsi que de Strelok et consistera donc en un prologue au jeu initial. C'est dans la peau d'un mercenaire travaillant pour des scientifiques que l'aventure débutera. Des vagues d'énergies balayent régulièrement la zone et cause de nombreux dommages aux Stalker. A travers une guerre de faction, la principale nouveauté de cet épisode, on découvrira au fur et à mesure d'où proviennent ces mystérieuses...