Mini Ninjas sur DS propose de suivre Hiro dans sa quête pour restaurer l'harmonie dans un monde proche du chaos. Tirez profit de vos compétences et de votre entraînement pour combattre une armée magique de samouraïs. Exploitez le pouvoir de votre magie Kuji et utilisez les compétences de vos amis Mini Ninjas pour parcourir un monde semé d'embûches et atteindre la confrontation finale avec le seigneur maléfique, au coeur de sa forteresse.