Ce manga conte l'histoire de Hyakkimaru, jeune homme japonais dont le père a fait "offrande" de 48 parties du corps de Hyakkimaru lors de sa naissance à 48 démons (dans le dessein d'avoir plus de pouvoir) avant de l'abandonner. Hyakkimaru sera élevé par un médecin qui remplacera les parties manquantes par des prothèses, dont certaines sont des armes (par exemple, les faux bras cachent des sabres). Hyakkimaru développe des sens surnaturels (puisqu'il est sourd, aveugle, etc.) qui lui permettent de se défendre face aux démons. En effet, à cause de l'offrande faite par son père, des démons le poursuivent sans cesse, et les combats contre ces démons (entre autres) confèrent donc la qualification de "manga samouraï" à ce manga. A chaque fois qu'un des 48 démons est battu par Hyakkimaru, celui-ci récupère une des 48 parties manquantes de son corps